植物检疫是旨在防止检疫性有害生物传入和/或扩散或确保其处于官方控制的一切活动，是基于风险分级的一系列措施组合。植物检疫程序则是官方规定的执行植物检疫措施的任何方法，包括与限定的有害生物有关的检查、检测、监控或处理的方法。为保证植物检疫措施不构成任意或不合理的歧视，或对国际贸易构成变相的限制，《实施卫生与动植物检疫措施协定》（SPS协定）授权IPPC制定进出境植物检疫措施领域的标准(简称ISPM)。《采用系统综合措施进行有害生物风险管理》（ISPM14）指出，系统方法应由可在输出国执行的各项植检措施构成，然而，当输出国提出应在输入国执行的措施并经输入国同意，可以在输入国实施这些措施。《植物检疫进口管理系统准则》（ISPM20）提出的进境植物检疫措施，从时间上分成进境前、进境时、进境后，从空间上分成输出国、进口国。

进境前：可分为在出口国、运输途中、抵达口岸前采取的措施。其中，在出口国采取的措施包括：出口前查验；出口前检测；出口前处理；特定植物检疫状态植物（如由已检测出带病毒的植物长成的或在特定条件下生长的植物）所产生的措施；出口前在生长季节进行的查验或检测、要求货物的原产地为有害生物非疫产地或非疫生产点、或有害生物低度流行区或非疫区；验证程序；保持货物完整性；对出口国程序的检查。在运输途中采取的措施包括：处理（如适当的物理或化学处理）；保持货物完整性。在抵达口岸前采取的措施包括：要求审批或办理许可证；对特定货物要求进口方在到货前预先通知等。

进境时：指定入境口岸；文件核查；核实货物完整性；核实运输期间的处理情况；植物检疫查验；检测；处理；扣留货物以等待检测或处理效果验证结果。为查验、检测或处理而实施检疫扣留（例如在进口后检疫站）；扣留在指定地点以待采取规定的措施等。

进境后：为查验、检测或处理而实施检疫扣留（例如在进口后检疫站）；限制货物的销售或使用（如要求以特定方式加工处理）；扣留在指定地点以待采取规定措施等。

进境植物检疫措施尤其是进境时的植物检疫措施的实施地点并不是一成不变的。ISPM14指出，查验可以在入境口岸、转运点、目的地进行，在保证货物的植物检疫完整性，保证可以采取适当的植物检疫程序的情况下，也可以在其他可识别进口货物的地点（如重要市场）进行。实施植物检疫措施应当遵循以下原则：

一是科学性原则。IPPC规定，除非出于植物检疫方面的考虑有必要并在技术上有正当理由采取相关植物检疫措施，否则各缔约方不得根据它们的植物检疫法采取任何一种植物检疫措施。同时，各缔约方应仅采取技术上合理、符合所涉及的有害生物风险、限制最少、对人员、商品和运输工具的国际流动妨碍最小的植物检疫措施。因此，针对具体进境植物及其产品的植物检疫程序会因其传播有害生物风险高低和特点而不同。

二是贸易影响最小原则。SPS协定指出，各成员在决定适当的动植物卫生检疫保护水平时，应考虑将对贸易的不利影响减少到最低程度这一目标。ISPM14也明确指出，植物检疫程序和法规尤其应考虑最小影响概念以及经济可行性和运作可行性的问题，以避免对贸易产生不必要的干扰。由此可见，在适当保护水平下，进口国应选择对贸易影响最小的实施地点。尤其是植物检疫查验、检疫处理以及为查验、检测或处理而实施检疫扣留等措施既可能在口岸实施，也可能在目的地实施。

三是技术上合理。SPS协定指出，各成员在制定或维持动植物卫生检疫措施以达到适当的动植物卫生检疫保护水平时，考虑到技术和经济可行性，应确保这类措施不比要获取适当的动植物卫生检疫保护水平所要求的更具贸易限制性。《进出境动植物检疫法》也有类似规定，因口岸条件限制等原因，可以由国家动植物检疫机关决定将动植物、动植物产品和其他检疫物运往指定地点检疫。以进境植物繁殖材料为例，考虑有害生物潜伏期等因素，除了口岸查验及实验室检测外，通常调离口岸至隔离圃实施隔离检疫；又比如对用于加工的进境粮食，由于加工过程中的温度、压榨等条件可以有效杀灭其携带的有害生物，因此除了发现活的昆虫等特殊情况，各国普遍采取指定方式加工处理方式的监管方式。

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