2006年5月29日，日本为加强食品(包括可食用农产品) 中农业化学品(包括农药、兽药和饲料添加剂) 残留管理制定了“肯定列表制度”(Positive list system)。该制度要求：食品中农业化学品含量不得超过最大残留限量标准；对于未制订最大残留限量标准的农业化学品，其在食品中的含量不得超过“一律标准”，即0.01毫克/公斤。

日本实施“肯定列表制度”的法律依据是《食品卫生法2003修订案》中第11条第三款: “任何食品，只要含有‘农药取缔法’中规定的农药活性原料，或含有‘确保饲料安全及品质改善法律’中规定的饲料添加剂，或含有‘药事法’中规定的兽药(包括由活性成分发生化学变化而产生的物质，但不包括经日本厚生劳动省确定不会对人体健康造成负面影响的任何物质(豁免物质))，并且其含量超过了厚生劳动省在听取药事和食品安全委员会的意见后确定的不会对身体健康产生负面影响的水平(一律标准)，就不得生产、进口、加工、使用、制备、销售或者为销售而存储，但食品中已建立最高残留限量标准的化学物质除外”。

“肯定列表制度”提出了食品中农业化学品残留管理的总原则。厚生劳动省根据该原则，采取了以下三项具体落实措施:

(1) 确定“豁免物质”，即在常规条件下其在食品中的残留对人体健康无不良影响的农业化学品。对于这部分物质，无任何残留限量要求。。“豁免物质”是日本厚生劳动省根据本国、FAO/WHO食品添加剂联合专家委员会、FAO/WHO农药残留联合专家委员会及其他国家和地区的风险评估结果确定的。日本对这部分物质无任何限量要求。目前，日本确定的豁免物质有65种，主要是维生素、氨基酸、矿物质等营养性饲料添加剂及一些天然杀虫剂。日本会定期(5年/次) 对“豁免物质”清单进行重新审议和修订。

(2) 针对具体农业化学品和具体食品制定的“最大残留限量标准”。 “最大残留限量标准”包括3种类型：

a. 在所有食品中均“不得检出(ND) ”的农业化学品。 在所有食品中均“不得检出”的农业化学品共有15种。这些物质一旦被检出，即视为超标。因此，其最高残留限量为检测方法的最低检出线(LOD) 。日本在厚生劳动省网站公布有“不得检出”物质的分析方法和相应的LOD值。

b.针对具体农业化学品和具体食品制订的“暂定标准”(provisional MRLs)。“暂定标准”(provisional MRLs) 是针对具体农业化学品在具体食品中的残留制定的最大残留限量标准。由于日本计划5年/次对这些限量指标进行重新审议和修订，因此将之称为“暂定标准”。“暂定标准”生效后，具有完全的法律效力。日本针对具体农业化学品在具体食品中的残留制订的“暂定标准”有50000多项，涉及农药500余种，兽药和饲料添加剂200余种。这些标准涉及初级可食用农产品210余种(类) 、限量标准50000多项，加工食品50余种(类) 、限量标准近200项，瓶装水限量标准近40项。

日本制定“暂定标准”时，主要参考了FAO/WHO联合食品法典委员会(CAC) 标准、日本国内标准及日本认可的参考国(包括美国、加拿大、欧盟、澳大利亚、新西兰) 的标准。“暂定标准”中，等于或低于0.01mg/kg的限量指标大约5000条，0.01-0.1mg/kg的指标大约27000条，0.1-1 mg/kg的指标大约12000条，高于1mg/kg的指标的大约7500条，另有160余条指标为不得检出(ND) 。

c.未制定暂定标准但在‘肯定列表制度’生效后仍然有效的现行标准。

日本在制定“暂定标准”时，已经将大多数现行标准纳入其中，这些现行标准将在“暂定标准”生效后自动失效。但是，现行标准中有62种农业化学品(涉及限量指标2470项) 被日本单独列出，未纳入“暂定标准”体系，并规定这些标准在“暂定标准”生效后同样具有法律效力。

(3) 对在豁免清单之外且无最大残留限量标准的农业化学品，制定“一律标准”。

“一律标准”(Uniform limit) 是日本对既非“豁免物质”也未制定“最大残留限量标准”的农业化学品在食品中的残留制定的统一标准(日本确定的“一律标准”为0.01毫克/公斤) 。这里未制定“最大残留限量标准”包括两种情况：在任何食品中均未制订“最大残留限量标准”，如日本未针对“杀虫双”制定任何“最大残留限量标准”，即“杀虫双”在所有食品中的残留限量均为 “一律标准”(0.01毫克/公斤) ；尽管已针对某些食品制订了“最大残留限量标准”，但未对所讨论的特定食品制定最大限量标准。如日本制定了茄子和香蕉中氯草敏(Chloridazon) 的最大残留限量标准(0.1毫克/公斤) ，但未制定其在小麦中的最大限量标准，则小麦的限量标准为“一律标准”(0.01毫克/公斤) 。